Το Τμήμα Γεωπονίας του Α.Π.Θ. έχει επτά Τομείς. Σε κάθε Τομέα ανήκουν τα σχετικά με το γνωστικό του αντικείμενο εργαστήρια και σπουδαστήρια. Κάθε Τομέας διοικείται από τον Διευθυντή και την Γενική του Συνέλευση ενώ το κάθε Εργαστήριο από τον αντίστοιχο Διευθυντή.