Τα όργανα διοίκησης του Τμήματος είναι ο Πρόεδρος και ο Αντιπρόεδρος και η Συνέλευση του Τμήματος που αποτελείται από εκπροσώπους των καθηγητών όλων των βαθμίδων, των διαφόρων κατηγοριών προσωπικού και των φοιτητών. Η Συνέλευση συνεδριάζει με ευθύνη του Προέδρου και λαμβάνει αποφάσεις για θέματα που αφορούν την εκπαιδευτική, ερευνητική και διοικητική δραστηριότητα του Τμήματος.

Το Τμήμα Γεωπονίας του Α.Π.Θ. έχει επτά Τομείς. Σε κάθε Τομέα ανήκουν τα σχετικά με το γνωστικό του αντικείμενο εργαστήρια και σπουδαστήρια. Κάθε Τομέας διοικείται από τον Διευθυντή και την Γενική του Συνέλευση ενώ το κάθε Εργαστήριο από τον αντίστοιχο Διευθυντή.

Για το Πανεπιστημιακό έτος 2025-2026 η σύνθεση των διοικητικών οργάνων του Τμήματος είναι η ακόλουθη

Πρόεδρος & Αντιπρόεδρος

ΠΡΟΕΔΡΟΣ ΤΜΗΜΑΤΟΣ: Κωτσόπουλος Θωμάς

ΑΝΤΙΠΡΟΕΔΡΟΣ ΤΗΜΑΤΟΣ: Μαμώλος Ανδρέας

Διευθυντές/ντριες Τομέων

1. Τομέας Αγροτικής Οικονομίας Διευθύντρια: Παρταλίδου Μαρία
2. Τομέας Εγγείων Βελτιώσεων, Εδαφολογίας και Γεωργικής Μηχανικής Διευθύντρια: Ματσή Θεοδώρα
3. Τομέας Επιστήμης και Τεχνολογίας Τροφίμων Διευθυντής: Κατσανίδης Ευγένιος
4. Τομέας Ζωικής Παραγωγής Διευθυντής: Μιχαηλίδης Γεώργιος
5. Τομέας Οπωροκηπευτικών και Αμπέλου Διευθυντής: Χατζηλαζάρου Στέφανος
6. Τομέας Φυτοπροστασίας Διευθύντρια: Λαγοπόδη Αναστασία
7. Τομέας Φυτών Μεγάλης Καλλιέργειας και Οικολογίας Διευθυντής: Μαυρομάτης Αθανάσιος

Γραμματέας Τμήματος

Βούβαρη Γεωργία

Συνέλευση Τμήματος

Μέλη ΔΕΠ

Θωμάς Κωτσόπουλος	Πρόεδρος του Τμήματος
Ανδρέας Μαμώλος	Αντιπρόεδρος του Τμήματος

Βρύζας Ζήσης	Αναπληρωτής Καθηγητής
Γερασόπουλος Δημήτριος	Καθηγητής
Γεωργίου Πανταζής	Καθηγητής
Γιάντσης Ιωάννης	Επίκουρος Καθηγητής
Δόρδας Χρήστος	Καθηγητής
Καραμανώλη Αικατερίνη	Καθηγήτρια
Καρπούζος Δημήτριος	Καθηγητής
Κατή Βαΐα	Επίκουρη Καθηγήτρια
Κουλούσης Νικόλαος	Καθηγητής
Κουνδουράς Στέφανος	Καθηγητής
Λαζαρίδου Αθηνά	Καθηγήτρια
Μοσχάκης Θωμάς	Καθηγητής
Μπουρνάρης Θωμάς	Καθηγητής
Ντότας Βασίλειος	Αναπληρωτής Καθηγητής
Σεργάκη Παναγιώτα	Καθηγήτρια
Τανανάκη Χρυσούλα	Καθηγήτρια
Φράγκος Βασίλειος	Καθηγητής
Κατσανίδης Ευγένιος	Δ/ντής Τομέα Ε.Τ.Τ.
Λαγοπόδη Αναστασία	Δ/ντρια Τομέα ΦΥ
Ματσή Θεοδώρα	Δ/ντρια Τομέα Ε.Β.
Μαυρομάτης Αθανάσιος	Δ/ντής Τομέα Φ.Μ.Κ.Ο.
Μιχαηλίδης Γεώργιος	Δ/ντής Τομέα Ζ.Π.
Παρταλίδου Μαρία	Δ/ντρια Τομέα Α.Ο.
Χατζηλαζάρου Στέφανος	Δ/ντής Τομέα ΟΠΑ

Εκπρόσωποι Ε.ΔΙ.Π. στη Συνέλευση του Τμήματος

ΤΑΚΤΙΚΟΣ: Τσαμπούλα Αγγελική

ΑΝΑΠΛΗΡΩΜΑΤΙΚΟΣ: Ζυμβρακάκη Ελένη

Εκπρόσωποι Ε.Τ.Ε.Π. στη Συνέλευση του Τμήματος.

ΤΑΚΤΙΚΟΣ: Καζανά Παρασκευή

ΑΝΑΠΛΗΡΩΜΑΤΙΚΟΣ: Χατσέρα Ζωή